| MirGeneDB ID | Laf-Mir-92-P2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-92-P1a Laf-Mir-92-P1c Laf-Mir-92-P1d Laf-Mir-92-P2c Laf-Mir-92-P2d | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cja-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Tgu-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010041.1: 21847463-21847522 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2a) |
Mir-92-P2a
GL010041.1: 21847463-21847522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 GL010041.1: 21847588-21847647 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 GL010041.1: 21847735-21847795 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 GL010041.1: 21847908-21847967 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 GL010041.1: 21848043-21848104 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAUAUUACAUUGUGUGGCACAGGCCAUUACUGUUGCUAACAUGCAACUCUGCUGAAUAUACAUUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGAUGGAGUGUAUUUGUCAACUGUCAACAAGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAUAUUACAUUGUGUGGC--| GG CA C GCUGAA ACA CCAUUACUGUUGCUAA UGCAA UCU U UGU GGUAGUGGUAACGAUU ACGUU AGG A AUGAACAACUGUCAACUGUUUA^ GA UC A UUACAU . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGUUGCUAACAUGCAACUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -60
Get sequence
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