| MirGeneDB ID | Cli-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cja-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Tgu-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold942: 1626979-1627038 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2a) |
Mir-430-P1
scaffold942: 1626026-1626086 [+]
Mir-430-P2 scaffold942: 1626310-1626366 [+] Mir-430-P3 scaffold942: 1626451-1626510 [+] Mir-430-P4 scaffold942: 1626806-1626867 [+] Mir-92-P2a scaffold942: 1626979-1627038 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUGAAAACUCUUUCAACUACAGGCUAAUACUGUUGCUAAUAUGCAACUCUGUUGUAUAAAAAUUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGAUGGACUGUCAGACAUGCAAAGAUGUGUAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUGAAAACUCUUUCAA- -| G A UA C GUUGUA CU ACAG CUA UACUGUUGCUAA UGCAA UCU U GA UGUC GGU GUGGUAACGAUU ACGUU AGG A GAAUGUGUAGAAACGUACA C^ A A UC A UUAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGUUGCUAAUAUGCAACUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -60
Get sequence
|
