| MirGeneDB ID | Cli-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-302c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Eca-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmr-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Neu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold942: 1626310-1626366 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P2) |
Mir-430-P1
scaffold942: 1626026-1626086 [+]
Mir-430-P2 scaffold942: 1626310-1626366 [+] Mir-430-P3 scaffold942: 1626451-1626510 [+] Mir-430-P4 scaffold942: 1626806-1626867 [+] Mir-92-P2a scaffold942: 1626979-1627038 [+] |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACUUUUGAAUUUUAAUGGGACUCCCUUUGCUUUAACAUGGAGGUACCUGCUGCUUAGAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGGCGGUGGAUCCUAAUUCUUUACGUGUCUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACUUUUGAAUUUUAA- CU -| U UG UU C GCUU UGGGA C CC U CU AACAUGGAGGUAC UGCU \ AUCCU G GG G GA UUGUACCUUCGUG AUGA A AUUUCUGUGCAUUUCUUA AG U^ C GU CU A AAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-430-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGAGGUACCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-430-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG -57
Get sequence
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