| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-302c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Eca-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmr-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Neu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584529: 6232768-6232825 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P2) |
Mir-92-P2a
JH584529: 6231226-6231285 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 JH584529: 6231913-6231973 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 JH584529: 6232389-6232449 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 JH584529: 6232768-6232825 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 JH584529: 6233041-6233100 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUAUGACAACUUUUAAAGGACCCCCUUUGCUUUAACAUGGGGGUACCUGCUGCCUAGAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUCGUGGUGGAUCCUAGUGUCUUGAAUUUAUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUAUGACAACUUUUAA- C -| UUU UU C UGCCU AGGA CC CC GCU AACAUGGGGGUAC UGC A UCCU GG GG UGA UUGUACCUUCGUG AUG G CAGUAUUUAAGUUCUGUGA A U^ UGC CU A AAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-430-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGGGGUACCUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-430-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUCG -58
Get sequence
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