| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-430-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-302c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P5d1 Cfa-Mir-430-P5d2 Cfa-Mir-430-P7d1 Cfa-Mir-430-P7d2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr32: 32429369-32429428 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P2) |
Mir-92-P2a
chr32: 32428908-32428967 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 chr32: 32429036-32429096 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 chr32: 32429212-32429272 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 chr32: 32429369-32429428 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 chr32: 32429504-32429565 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAUUUUAGAGCCCCGAGGGAUUCCCCUUUGCUUUAACAUGGGGGUACCUGCUGUGUAAAACAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGGAGGUGUCUCCAAGUGGACACGACUUAAUUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUUUAGAGCCCCGA--- -| UCC UG UU C GUGUA GG GAU CCUU CU AACAUGGGGGUAC UGCU A CC CUG GGAG GA UUGUACCUUCGUG AUGA A UUUAAUUCAGCACAGGUGAA U^ U-- GU CU A AAACA . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-430-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGGGGUACCUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-302c miRDB: MIMAT0009857 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-430-P2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG -60
Get sequence
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