| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-302a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P5d1 Cfa-Mir-430-P5d2 Cfa-Mir-430-P7d1 Cfa-Mir-430-P7d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P3 Ami-Mir-430-P3 Bta-Mir-430-P3 Cja-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P3 Cmi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P3 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 Eca-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P3 Gga-Mir-430-P3 Gja-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P3 Mml-Mir-430-P3 Mmr-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P3 Neu-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P3 Spt-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P3 Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b Xtr-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr32: 32429212-32429272 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P3) |
Mir-92-P2a
chr32: 32428908-32428967 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 chr32: 32429036-32429096 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 chr32: 32429212-32429272 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 chr32: 32429369-32429428 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 chr32: 32429504-32429565 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACGUUUUUCCAAGACUGGGCUCCCCACCACUUAAACGUGGAUGUACUUGCUUUGAAACUCAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGAUGGUAAGUCUUACUUUUACAUUUUAGAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUACGUUUUUCCAAGACU--| CC C U U UUGAAA GGGCU CCA CACU AAACGUGGA GUACUUGCU \ UCUGA GGU GUGA UUUGUACCU CGUGAAUGA C UGAAGAUUUUACAUUUUCAU^ AU A U U AAAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut possibly at +3 on the 5p arm but without accompaning 3p reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-430-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUAAACGUGGAUGUACUUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-302a miRDB: MIMAT0009855 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-430-P3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGA -61
Get sequence
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