| MirGeneDB ID | Gga-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-302a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P3 Ami-Mir-430-P3 Bta-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P3 Cja-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P3 Cmi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P3 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 Eca-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P3 Gja-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P3 Mml-Mir-430-P3 Mmr-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P3 Neu-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P3 Spt-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P3 Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b Xtr-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
4: 57084749-57084807 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P3) |
Mir-430-P1
4: 57084186-57084246 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 4: 57084446-57084502 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 4: 57084749-57084807 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 4: 57085084-57085144 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a 4: 57085223-57085282 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGGUCUCUCUACUUAAGGUUCCCCACAACUUAAAUGUGGAUGUGCUUGCUUUGUUCUGAAAAGAAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGAUGGUGAAUCCUUUUUCUCAACUGGAAACUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGUGGUCUCUCUACUU- -| C CA U U UG G UUGUU AAGG UUC CCA ACU AAAUGUGGA G CUU CU \ UUCC AAG GGU UGA UUUGUACCU C GAA GA C UUCAAAGGUCAACUCUUU U^ U AG U U GU A AAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gga-Mir-430-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUAAAUGUGGAUGUGCUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gga-Mir-430-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-302a miRDB: MIMAT0001143 |
