| MirGeneDB ID | Cja-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P5 Cja-Mir-430-P6 Cja-Mir-430-P7 Cja-Mir-430-P8 Cja-Mir-430-P9 Cja-Mir-430-P10 Cja-Mir-430-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P3 Ami-Mir-430-P3 Bta-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P3 Cmi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P3 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 Eca-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P3 Gga-Mir-430-P3 Gja-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P3 Mml-Mir-430-P3 Mmr-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P3 Neu-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P3 Spt-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P3 Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b Xtr-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021917.1: 80664176-80664236 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P3) |
Mir-430-P1
CM021917.1: 80663864-80663922 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 CM021917.1: 80663999-80664058 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 CM021917.1: 80664176-80664236 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 CM021917.1: 80664356-80664416 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a CM021917.1: 80664486-80664544 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAAGUUUUUCCAAGACUGGGCUCCCCACCACUUAAACGUGGAUGUACUUGCUUUGAAACGAAAGAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGAUGGUAAGUCUUCCUUUUACAUUUUUAUAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAAGUUUUUCCAAGACU--| CC C U U UUGAAA GGGCU CCA CACU AAACGUGGA GUACUUGCU \ UCUGA GGU GUGG UUUGUACCU CGUGAAUGA C GAAUAUUUUUACAUUUUCCU^ AU A U U AGAAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-430-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUAAACGUGGAUGUACUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-430-P3_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA -61
Get sequence
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