| MirGeneDB ID | Ami-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-302a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P2 Ami-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P3 Bta-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P3 Cja-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P3 Cmi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P3 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 Eca-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P3 Gga-Mir-430-P3 Gja-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P3 Mml-Mir-430-P3 Mmr-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P3 Neu-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P3 Spt-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P3 Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b Xtr-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713485.1: 214083-214143 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P3) |
Mir-430-P1
NW_017713485.1: 213493-213553 [+]
UCSC
Mir-430-P2 NW_017713485.1: 213804-213861 [+] UCSC Mir-430-P3 NW_017713485.1: 214083-214143 [+] UCSC Mir-430-P4 NW_017713485.1: 214397-214458 [+] UCSC Mir-92-P2a NW_017713485.1: 214645-214704 [+] UCSC |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUCAGUCUCAGCUUAAAGGACCCCCAGAACUUUAAUGUGGAUGUACUUGCUUUGUUUCUGAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGCUGGUGAAUCCUGCUCUCUCAACAUGUAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUUCAGUCUCAGCUUAA- CCC-| A UU U UUGUUU AGGA CCAG ACU AAUGUGGA GUACUUGCU \ UCCU GGUC UGG UUGUACCU CGUGAAUGA C AAAAUGUACAACUCUCUCG AAGU^ G UU U AAAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-430-P3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAAUGUGGAUGUACUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-430-P3_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0038264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGC -61
Get sequence
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