| MirGeneDB ID | Ami-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P2 Ami-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713485.1: 214397-214458 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-430-P1
NW_017713485.1: 213493-213553 [+]
UCSC
Mir-430-P2 NW_017713485.1: 213804-213861 [+] UCSC Mir-430-P3 NW_017713485.1: 214083-214143 [+] UCSC Mir-430-P4 NW_017713485.1: 214397-214458 [+] UCSC Mir-92-P2a NW_017713485.1: 214645-214704 [+] UCSC |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAAGCUUACACUAUAAAGGACCCCCUCUACUUUAACAUGGGAGGUACUUGCUGGAUGCUUGAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUUGUGGUGAAUCCUAAUAACUCCUACAGAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAAGCUUACACUAUAA- CCC-| UCU UU G UGGAUGC AGGA CC ACU AACAUGG AGGUACUUGC \ UCCU GG UGA UUGUACC UUCGUGAAUG U UAAAAGACAUCCUCAAUAA AAGU^ UGU UU - AAAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGGAGGUACUUGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-430-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUUG -62
Get sequence
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