| MirGeneDB ID | Ete-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-430-P1 Ete-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P5 Ete-Mir-430-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980307: 56022999-56023060 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-92-P2a
JH980307: 56022880-56022939 [-]
UCSC
Mir-430-P4 JH980307: 56022999-56023060 [-] UCSC Mir-430-P3 JH980307: 56023156-56023216 [-] UCSC Mir-430-P2 JH980307: 56023305-56023365 [-] UCSC Mir-430-P1 JH980307: 56023427-56023485 [-] UCSC |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCUGCUGUACUAUGCGGGGACCCCCUCUACUCUAACACGGCGGCACUUGCUGUGGCUUUUUGGAAAUUAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGUGGUGAAUCCUAACUUUAUUUUCAAUACACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUCUGCUGUACUAUGCG-- CCC-| UC U C C CUGUGGCU GGGA CC UACUC AACA GG GGCACUUG U UCCU GG GUGAG UUGU CC UCGUGAAU U CCACAUAACUUUUAUUUCAA AAGU^ U- U A U UAAAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUAACACGGCGGCACUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-430-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU -62
Get sequence
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