| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P51 Mdo-Mir-430-P52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
5: 66074491-66074551 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-92-P2a
5: 66074340-66074399 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 5: 66074491-66074551 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 5: 66074652-66074712 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 5: 66074864-66074922 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 5: 66075012-66075070 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAAUGGACUCAAUUUUAAGGAUCUCCUCUGCUUUAACAUGGAAGUGCUUGCUGUGAUUUUAAAAAAUUAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUUGUGGUGAUUCCUAAAGGCAUAUAAAAGAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAAUGGACUCAAUUUUA- -| U UCU U UG CUGUGAUU AGG AUC CC GCUU AACAUGGAAG CUUG \ UCC UAG GG UGAG UUGUACCUUC GAAU U UUUAGAAAAUAUACGGAAA U^ U UGU U GU UAAAAAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGAAGUGCUUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-430-P4_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0004183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUUG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-302d |
