| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 56776920-56776977 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o4b) |
Mir-92-P2a
NC_030725.1: 56776761-56776821 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o4b NC_030725.1: 56776920-56776977 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1b NC_030725.1: 56777057-56777118 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3b NC_030725.1: 56777932-56777991 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUGAAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUGUGUUUAGAGAAAAGGAGCCACUUCUGCUGAAAACAUGGGGCACAUGCUAAUAAGAGAGUAGUAAGUGCUUUAUGUUUUAGCAGAUAUGACUUCUCAUUAUGUUCCCAACUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUGUGUUUAGAGAAA--| C CU A A AAUAA AGGAG CA UCUGCUGAAA CAUGGGGCAC UGCU \ UCUUC GU AGACGAUUUU GUAUUUCGUG AUGA G UAUUCAACCCUUGUAUUAC^ A AU - A UGAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-430-o4b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGAAAACAUGGGGCACAUGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-430-o4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAAGUGCUUUAUGUUUUAGCAG -58
Get sequence
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