| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o5r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-430-P5 Cja-Mir-430-P5 Cpo-Mir-430-P5 Dno-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P5 Ete-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P5 Mml-Mir-430-P5 Ocu-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NW_016694811.1: 4533144-4533207 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o5r) |
Mir-430-o5r
NW_016694811.1: 4533144-4533207 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o5s NW_016694811.1: 4533432-4533493 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAUAUUUGUUUCAGACUGAUUAUGUAGCACCCAAAACAGGGCUCUCUCUUGUGACUGAAUUAUGAUGGGAAAGUGCUUUCUGUUUUGGGCGUUCUGGCAGCUCGUGAAAAAGGCAUGGAGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAUAUUUGUUUCAGACU UUA --- A --| U C UGUGACUG GA UGU AGC CCCAAAACAG GGC CU UCU A CU ACG UUG GGGUUUUGUC UCG GA AGG A CGGAGGUACGGAAAAAGUG CG- GUC C UU^ U A GUAGUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-430-o5r_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCAAAACAGGGCUCUCUCU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-430-o5r_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAAGUGCUUUCUGUUUUGGGCGU -64
Get sequence
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