| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o5p1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-430-P5 Cja-Mir-430-P5 Cpo-Mir-430-P5 Dno-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P5 Ete-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P5 Mml-Mir-430-P5 Ocu-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030724.1: 217936456-217936519 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o5p1) |
Mir-430-o5p1
NC_030724.1: 217936456-217936519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o5o1 NC_030724.1: 217936613-217936674 [-] UCSC Ensembl Mir-430-o5q1 NC_030724.1: 217936855-217936921 [-] UCSC Ensembl Mir-430-o5p2 NC_030724.1: 217939905-217939968 [-] UCSC Ensembl Mir-430-o5o2 NC_030724.1: 217940062-217940123 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCCAAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAGCCGUUAGCUGACCAAUUUGAUAUCACCCAAAACUAAGCUCUCUCUUGUGUUCUCUUGAUGGUCAGAAAGUGCUUCCUGUUUUGGGCGUUCUGGCCAUCAGAUAUACGACAUGGAAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGAGCCGUUAGCUGACCAAU A- ----- U--| U C UGUGUUCU UUGAU UCA CCCAAAAC AAGC CU UCU C GACUA GGU GGGUUUUG UUCG GA AGA U GUUAAGGUACAGCAUAUA---- CC CUUGC UCC^ U A CUGGUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-430-o5p1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCAAAACUAAGCUCUCUCU -21
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-430-o5p1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAAGUGCUUCCUGUUUUGGGCGU -64
Get sequence
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