MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o6b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dno-Mir-430-P6 Hsa-Mir-430-P6 Mml-Mir-430-P6 Mmu-Mir-430-P6 Rno-Mir-430-P6b Xtr-Mir-430-o6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 26162703-26162762 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGGGGAGCAAGUCUCCUUGUCAGCCCACUAGCCAGACUGAGGCCCUCUCUUGUUACCAAGUGGGAGUAAGUGCUUUCUAGUUUGGUUAUUGGGCUGACAAACUAUCUACUGGCUGGUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGGGGAGCAAGUCUCC-- C -- C --| UUGUUA UUGUCAGCCCA UAGCCAGACU GAGGC CU CUC C AACAGUCGGGU AUUGGUUUGA UUUCG GA GAG C AUUGGUCGGUCAUCUAUCA U UC U AU^ GGUGAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-430-o6b_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCAGACUGAGGCCCUCUCU -21
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-430-o6b_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAAGUGCUUUCUAGUUUGGUUAU -60
Get sequence
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