| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-o9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-430-P9 Hsa-Mir-430-P9 Mml-Mir-430-P9 Pab-Mir-430-P9a Pab-Mir-430-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 762899-762959 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o9) |
Mir-430-o9
NC_030738.1: 762899-762959 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o6a NC_030738.1: 764035-764093 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o7a NC_030738.1: 764304-764364 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o8a NC_030738.1: 764746-764803 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGUAUUGCCACACUGGUAGGUACAUUACCCUAAACAGGGCACUUUCUCUGUGCGUUAUAAUUGGGAAAAGUGCUUUCUUGUUUGGGCCACUGUGCCGGCCAAUGUUUGUGUGGUGGGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUGUAUUGCCACACUG--- A UUAC --- -| UGUGCG GU GGUACA CCUAAACAGG GCAC UUUCUC U CG CCGUGU GGGUUUGUUC CGUG AAAGGG U GGGGGUGGUGUGUUUGUAAC G CACC UUU A^ UUAAUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-430-o9_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUAAACAGGGCACUUUCUC -20
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-430-o9_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GAAAAGUGCUUUCUUGUUUGGGCCA -61
Get sequence
|
