| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-302d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-430-o28 Cpo-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P4 Bta-Mir-430-P4 Cfa-Mir-430-P4 Cja-Mir-430-P4 Cli-Mir-430-P4 Cmi-Mir-430-P4 Cpi-Mir-430-P4 Dno-Mir-430-P4 Eca-Mir-430-P4 Ete-Mir-430-P4 Gga-Mir-430-P4 Hsa-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P4 Mml-Mir-430-P4 Mmr-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P4 Ocu-Mir-430-P4 Pab-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P4 Spt-Mir-430-P4 Sto-Mir-430-P4 Tgu-Mir-430-P4 Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xtr-Mir-430-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_43: 11471856-11471915 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P4) |
Mir-92-P2a
scaffold_43: 11471746-11471805 [-]
UCSC
Mir-430-P4 scaffold_43: 11471856-11471915 [-] UCSC Mir-430-P3 scaffold_43: 11471975-11472035 [-] UCSC Mir-430-P2 scaffold_43: 11472099-11472157 [-] UCSC Mir-430-P1 scaffold_43: 11472221-11472282 [-] UCSC |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCGGCCGGGGCGCACUUCCGGGCCCCCCCACUCCGACAUGGGGCACUUGCUGCGGCGUGACUCAAAUAAGUGCUUCCAUGUUUGAGCGCGGUGGCCCCGGCGGCUUCGGAGGGGACCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCGGCCGGGGCGCACUU- C - CCA C -| CUGCGGCG CCGGG CC CC CUC GACAUGG GGCACUUG \ GGCCC GG GG GAG UUGUACC UCGUGAAU U CACCAGGGGAGGCUUCGGC C U CGC U U^ AAACUCAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-430-P4_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCGACAUGGGGCACUUGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-430-P4_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGCGC -60
Get sequence
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