| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-430-o28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P4 Cpo-Mir-430-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mml-Mir-430-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_70: 3095374-3095431 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o28) |
Mir-430-P5
scaffold_70: 3074407-3074465 [-]
UCSC
Mir-430-o28 scaffold_70: 3095374-3095431 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCAGGAGGAAGCCGGGCUCCGGGGCGCCCCUCGAGCGAGAAGCACUUUCUGUGUAAAUGGAGGGAAGUGCGUCCUCUCUCGAGCGUCGCCCUAAGAGACAGUCGCCGGCACCGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCAGGAGGAAGCCGGG- C- CCC C AA-| GUGUA CUC GGGGCG CUCGAG GAG GCACUUUCU \ GAG UCCCGC GAGCUC CUC CGUGAAGGG A GGGGCCACGGCCGCUGACA AA UGC U CUG^ AGGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-430-o28_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCGAGCGAGAAGCACUUUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-430-o28_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GAAGUGCGUCCUCUCUCGAGCGU -58
Get sequence
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