| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1d Cpo-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cja-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Tgu-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_43: 11471746-11471805 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2a) |
Mir-92-P2a
scaffold_43: 11471746-11471805 [-]
UCSC
Mir-430-P4 scaffold_43: 11471856-11471915 [-] UCSC Mir-430-P3 scaffold_43: 11471975-11472035 [-] UCSC Mir-430-P2 scaffold_43: 11472099-11472157 [-] UCSC Mir-430-P1 scaffold_43: 11472221-11472282 [-] UCSC |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGGACCACCGCGCACGGCCCGGGCCGCCACUGUUGCUAGUGUGCAACUCUGCUGCGUGCACCCUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGACGGCCCGCGGCCACCUCGCCGUCCCGCUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGGACCACCGCGCAC- -| C U C GCUGCG GGCC CGGGCCG CACUGUUGCUAG GUGCAA UCU U CCGG GCCCGGC GUGGUAACGAUU CACGUU AGG G UCUCGCCCUGCCGCUCCA C^ A U A UCCCAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGUUGCUAGUGUGCAACUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -60
Get sequence
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