| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1d Tgu-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cja-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
4: 66548883-66548942 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2a) |
Mir-430-P1
4: 66548154-66548214 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 4: 66548390-66548446 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 4: 66548557-66548616 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 4: 66548727-66548786 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a 4: 66548883-66548942 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGACUCCUCAAUCUUGCUACAGGCUAAUACUGUUGCUAAUAUGCAACUCUGUUGUAUAAAAAUUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGAUGGACUGUCAGACAUAUCAAGACAUUAGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGACUCCUCAAUCUUG- -| G A UA C GUUGUA CU ACAG CUA UACUGUUGCUAA UGCAA UCU U GA UGUC GGU GUGGUAACGAUU ACGUU AGG A AAGAUUACAGAACUAUACA C^ A A UC A UUAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGUUGCUAAUAUGCAACUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0025395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -60
Get sequence
|
