| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P3 Tgu-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Eca-Mir-430-P1 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmr-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Neu-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
4: 66548154-66548214 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-430-P1
4: 66548154-66548214 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 4: 66548390-66548446 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 4: 66548557-66548616 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 4: 66548727-66548786 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a 4: 66548883-66548942 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUUUUUUUUUUUUUUGUGGACCCCUUUUACUUUACCAUGGAGGUGCUUUCUGUGACAUAGAAAAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAGAGGUGAAUCCUGAUCGCAAUCCGGGAUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACUUUUUUUUUUUUUUGU- CCC-| UUAC UG U GUGACA GGA CUUUUACU CAUGGAGG CUU CU \ CCU GGAGAUGA GUACCUUC GAA GA U UAUUAGGGCCUAACGCUAGU AAGU^ UUUU GU U AAAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-430-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUACCAUGGAGGUGCUUUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-430-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG -61
Get sequence
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