| MirGeneDB ID | Sto-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Eca-Mir-430-P1 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmr-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Neu-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01002990.1: 218430-218489 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-430-P4
BFAA01002990.1: 216824-216879 [-]
Mir-430-P3 BFAA01002990.1: 217072-217132 [-] Mir-430-P2 BFAA01002990.1: 217783-217842 [-] Mir-92-P2a BFAA01002990.1: 218057-218115 [-] Mir-430-P1 BFAA01002990.1: 218430-218489 [-] |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUUAUCAGUUGUGAAAUGUGUCCCCUGUUACGUCAACAUUGAAGCCUUUCUGUGAUAUACUUCAGUAAGUGCUUUUAUGUUGAAGUGGUCGUGGAUACUUCAUUCUCUGCCAGUGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUUAUCAGUUGUGAAAU- CC - G U -| UCUGUGAU GUGUCC UG UUAC UCAACAU GAAGC CUU A CAUAGG GC GGUG AGUUGUA UUUCG GAA U AUAGUGACCGUCUCUUACUU U- U A U U^ UGACUUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-430-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGUCAACAUUGAAGCCUUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-430-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGUGCUUUUAUGUUGAAGUGG -60
Get sequence
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