| MirGeneDB ID | Ami-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-302b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-430-P2 Ami-Mir-430-P3 Ami-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713485.1: 213493-213553 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-430-P1
NW_017713485.1: 213493-213553 [+]
UCSC
Mir-430-P2 NW_017713485.1: 213804-213861 [+] UCSC Mir-430-P3 NW_017713485.1: 214083-214143 [+] UCSC Mir-430-P4 NW_017713485.1: 214397-214458 [+] UCSC Mir-92-P2a NW_017713485.1: 214645-214704 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAUUUAAAUGAAGUAUGGUUUCCCUUCUACUUUAACAUGGAGGUGCUUUCUGUGACUUAUAAGAAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAGAGGUGAAAUCCUGUUCUCAGUCCUAGAAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGAUUUAAAUGAAGUAU--| C UU UG U GUGACU GGUUUC CUUCUACU AACAUGGAGG CUU CU \ CUAAAG GGAGAUGA UUGUACCUUC GAA GA U AUAAGAUCCUGACUCUUGUC^ U UU GU U AGAAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-430-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGAGGUGCUUUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-430-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG -61
Get sequence
|
