| MirGeneDB ID | Laf-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-430-o44 Laf-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Eca-Mir-430-P1 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmr-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Neu-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010041.1: 21848043-21848104 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-92-P2a
GL010041.1: 21847463-21847522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 GL010041.1: 21847588-21847647 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 GL010041.1: 21847735-21847795 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 GL010041.1: 21847908-21847967 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 GL010041.1: 21848043-21848104 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUCUCCCUAGGCUGAUGGAUUUCCUUUGACUUUAACAAGGAGGUCCUUUCUGCUAUUUGUAAAAAAGUAAGUGCUUCCUUGUUUUAGUAGAAGUGAAUUCAACUAAUCUCCAGGUGAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUCUCCCUAGGCUGA--| UC G UU UC U GCUAUU UGGAUU CUUU ACU AACAAGGAGG CUU CU U ACUUAA GAAG UGA UUGUUCCUUC GAA GA G CAAAGUGGACCUCUAAUCA^ GU A UU GU U AAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Laf-Mir-430-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAAGGAGGUCCUUUCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Laf-Mir-430-P1_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUUCCUUGUUUUAGUAG -62
Get sequence
|
