| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P3 Ami-Mir-430-P3 Bta-Mir-430-P3 Cfa-Mir-430-P3 Cja-Mir-430-P3 Cli-Mir-430-P3 Cmi-Mir-430-P3 Cpi-Mir-430-P3 Cpo-Mir-430-P3 Dno-Mir-430-P3 Dre-Mir-430-o3a1 Dre-Mir-430-o3a2 Dre-Mir-430-o3a3 Dre-Mir-430-o3a4 Dre-Mir-430-o3a5 Dre-Mir-430-o3a6 Dre-Mir-430-o3a7 Dre-Mir-430-o3a8 Dre-Mir-430-o3a9 Dre-Mir-430-o3a10 Dre-Mir-430-o3a11 Dre-Mir-430-o3a12 Dre-Mir-430-o3a13 Dre-Mir-430-o3a14 Dre-Mir-430-o3a15 Dre-Mir-430-o3a16 Dre-Mir-430-o3b1 Dre-Mir-430-o3b2 Eca-Mir-430-P3 Ete-Mir-430-P3 Gga-Mir-430-P3 Gja-Mir-430-P3 Hsa-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P3 Mml-Mir-430-P3 Mmr-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P3 Neu-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P3 Ocu-Mir-430-P3 Pab-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P3 Sha-Mir-430-P3 Spt-Mir-430-P3 Sto-Mir-430-P3 Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b Xtr-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
4: 66548557-66548616 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P3) |
Mir-430-P1
4: 66548154-66548214 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 4: 66548390-66548446 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 4: 66548557-66548616 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 4: 66548727-66548786 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a 4: 66548883-66548942 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUCGUUUUUCCCCUGAAGGACCCCCACAACUUAAAUGUGGACGUGCUUGCUUUGGCUCACAACAGUAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGGUGGUGAAUCCUUUUAACCUCAACACUUUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGUCGUUUUUCCCCUG- CCC-| A U C UG UUGGC AAGGA CCAC ACU AAAUGUGGA G CUUGCU U UUCCU GGUG UGA UUUGUACCU C GAAUGA C CCUUUCACAACUCCAAUU AAGU^ G U U GU CAACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-430-P3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUAAAUGUGGACGUGCUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-430-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUGG -60
Get sequence
|
