| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-92a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1d Cpo-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2512411-2512471 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
scaffold_128: 2512251-2512315 [-]
UCSC
Mir-92-P1c scaffold_128: 2512411-2512471 [-] UCSC Mir-19-P2c scaffold_128: 2512548-2512615 [-] UCSC Mir-17-P4c scaffold_128: 2512679-2512739 [-] UCSC Mir-17-P2c scaffold_128: 2512897-2512961 [-] UCSC Mir-17-P1c scaffold_128: 2513060-2513118 [-] UCSC |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCUUCAGCACGAAUGCCCAUUCAUCCAUGGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACUUGUAUUAUAUGUAAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAAGAAAGGAGGAUUUUACCGCCUUCCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCUUCAGCACGAAUGC--| A A G UU U U UGUAUU CC UUC UCCAUGGGU GGGAU GU GCA UACU A GG AAG AGGUGUCCG CCCUG CA CGU AUGA U AUCCUUCCGCCAUUUUAGGA^ A A G UU - U AAUGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-92-P1c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0046930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-92-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -61
Get sequence
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