| MirGeneDB ID | Oan-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-92a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Oan-Mir-92-P1d Oan-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041733.1: 24649741-24649802 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
NC_041733.1: 24649599-24649663 [-]
Mir-92-P1c NC_041733.1: 24649741-24649802 [-] Mir-19-P2c NC_041733.1: 24649885-24649944 [-] Mir-17-P4c NC_041733.1: 24650009-24650072 [-] Mir-17-P2c NC_041733.1: 24650219-24650283 [-] Mir-17-P1c NC_041733.1: 24650384-24650441 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGAGAAGGUUUUGCACUGAUUCCUCCAUGGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACUUGUAGCUAUGUUUAGAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAGGGAAGGAGGACUUGUCAUCAGGUCUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGAGAAGGUUUUGCA---| GA G UU U U UGUAGCU CU UUCCUCCAUGGGU GGGAU GU GCA UACU \ GG AGGGAGGUGUCCG CCCUG CA CGU AUGA A UUCUGGACUACUGUUCAGGA^ A- G UU - U GAUUUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-92-P1c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUGGGGAUUUGUUGCAUUACU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-92-P1c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -62
Get sequence
|
