| MirGeneDB ID | Gja-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1d Gja-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Eca-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1c Gga-Mir-92-P1c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmr-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Neu-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pab-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015169856.1: 119224-119288 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1c) |
Mir-92-P2c
NW_015169856.1: 119070-119134 [-]
Mir-92-P1c NW_015169856.1: 119224-119288 [-] Mir-19-P2c NW_015169856.1: 119403-119463 [-] Mir-17-P4c NW_015169856.1: 119534-119595 [-] |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAAGACAACUUGAAACUGACUUCUCCCUGGGUUGGGAUUUGUUGCAUUACUUGUAGGUUCACUGUGAAGAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAGGAGGAGAAGGCUUUUCUUCAGGAGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGAAGACAACUUGAAA---| GA C UU U U UGUAGGUU CU CUUCUCC UGGGUUGGGAU GU GCA UACU C GA GAGGAGG GUCCGGCCCUG CA CGU AUGA A GUGAGGACUUCUUUUCGGAA^ G- U UU - U GAAGUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-92-P1c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUGGGAUUUGUUGCAUUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-92-P1c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -65
Get sequence
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