| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-302c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P5a Mmu-Mir-430-P5b Mmu-Mir-430-P5c Mmu-Mir-430-P6 Mmu-Mir-430-P7a Mmu-Mir-430-P7b Mmu-Mir-430-P7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-430-P2 Bta-Mir-430-P2 Cfa-Mir-430-P2 Cja-Mir-430-P2 Cli-Mir-430-P2 Cmi-Mir-430-P2 Cpi-Mir-430-P2 Cpo-Mir-430-P2 Dno-Mir-430-P2 Dre-Mir-430-o2a1 Dre-Mir-430-o2a2 Dre-Mir-430-o2a3 Dre-Mir-430-o2a4 Dre-Mir-430-o2a5 Dre-Mir-430-o2a6 Dre-Mir-430-o2a7 Dre-Mir-430-o2a8 Dre-Mir-430-o2a9 Dre-Mir-430-o2a10 Dre-Mir-430-o2a11 Dre-Mir-430-o2a12 Dre-Mir-430-o2a13 Dre-Mir-430-o2a14 Dre-Mir-430-o2b Dre-Mir-430-o2c1 Dre-Mir-430-o2c2 Dre-Mir-430-o2c3 Dre-Mir-430-o2d1 Dre-Mir-430-o2d2 Eca-Mir-430-P2 Ete-Mir-430-P2 Gga-Mir-430-P2 Hsa-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P2 Mml-Mir-430-P2 Mmr-Mir-430-P2 Neu-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P2 Ocu-Mir-430-P2 Pab-Mir-430-P2 Sha-Mir-430-P2 Spt-Mir-430-P2 Sto-Mir-430-P2 Tgu-Mir-430-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr3: 127545368-127545427 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P2) |
Mir-430-P1
chr3: 127545238-127545297 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P2 chr3: 127545368-127545427 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P3 chr3: 127545501-127545561 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P4 chr3: 127545629-127545687 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2a chr3: 127545741-127545800 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAUUCAGAGUCUGAUGGGAGUCCCCUCUGCUUUAACAUGGGGUUACCUGCUGUGUUAAACAAAAGCAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGGGGGUGUCUUAAACUGUUCAACAUUUUCUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAAUUCAGAGUCUGAU----| GU CU UU U C GUGUU GGGA CCCCU GCU AACAUGGGG UAC UGCU A UUCU GGGGG UGA UUGUACCUU GUG ACGA A UCUCUUUUACAACUUGUCAAA^ GU -- CU C A AAACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-430-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUAACAUGGGGUUACCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003375 TargetScanVert: mmu-miR-302c-5p miRDB: MIMAT0003375 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-430-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003376 TargetScanVert: mmu-miR-302c-3p miRDB: MIMAT0003376 |
