MirGeneDB ID | Xla-Mir-92-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-92a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xla-Mir-92-P1d1 Xla-Mir-92-P1d2 Xla-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a4) |
Mir-92-P1a4
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a4 NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a4 NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a4 NC_030727.1: 104999384-104999445 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCACAUUGGGGACUUGCCCCUUUCUGUAUAGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCUGUCCUAUUUAUGUAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUUAGGAUGGUUGGGAUUUUUAUCCCCCCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCACAUUGGGGACUUGCC--| U U U U GUCCUA CC UUCUG AUAGGUUGGGAU GGU GCAAUGCU \ GG AGGAU UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGA U CUCCCCCCUAUUUUUAGGGUU^ U U U - UGUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-92-P1a4_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0046610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-92-P1a4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -60
Get sequence
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