| MirGeneDB ID | Xla-Mir-92-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-92a-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xla-Mir-92-P1d1 Xla-Mir-92-P1d2 Xla-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Eca-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1a Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmr-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pab-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a4) |
Mir-92-P1a4
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a4 NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a4 NC_030727.1: 104998958-104999018 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a4 NC_030727.1: 104999128-104999185 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a4 NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a4 NC_030727.1: 104999384-104999445 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCACAUUGGGGACUUGCCCCUUUCUGUAUAGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCUGUCCUAUUUAUGUAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUUAGGAUGGUUGGGAUUUUUAUCCCCCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCACAUUGGGGACUUGCC--| U U U U GUCCUA CC UUCUG AUAGGUUGGGAU GGU GCAAUGCU \ GG AGGAU UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGA U CUCCCCCCUAUUUUUAGGGUU^ U U U - UGUAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-92-P1a4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGGGAUUGGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-92-P1a4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -60
Get sequence
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