| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 104895961-104896026 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
chrX: 104895658-104895722 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 104895826-104895886 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 104895961-104896026 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 104896094-104896154 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 104896344-104896408 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 104896517-104896575 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUUGGUGAAAUACCCUGCCGCUUCCGGUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGCGUACUUGUGCAUAUAGGGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACCGUGAUCAUGUGUGUGCCGUCGGUGGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUGGUGAAAUACCCU- CGCU - - -| UUU GUACUUGU GC UC CGGUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ UG AG GCCAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG G CUCGGUGGCUGCCGUGUG UACU U A U^ --- GGAUAUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-19-P2c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -66
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-19b miRDB: MIMAT0006652 |
