| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-19-P1a Cpi-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584720: 2634792-2634851 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-17-P1c
JH584720: 2634299-2634357 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH584720: 2634454-2634518 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH584720: 2634668-2634729 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH584720: 2634792-2634851 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH584720: 2634933-2634994 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH584720: 2635069-2635133 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCCUGAAAAGAUAGUGCUGACUACAGUCAGUUUUGCAGGAUUGCAUUCCAGCUUAUUUCAAACGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUGGUUGCAUUCAUUCGGUUGCGAGGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUCCUGAAAAGAUAGU--- U - -| UUC UUAUU GC GACUACAGUCAGUUUUGCA GGA UUGCA CAGC \ CG UUGGUGUCAGUCAAAACGU CCU AACGU GUCG U AUGGAGCGUUGGCUUACUUA - A A^ --- CAAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-19-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGAUUGCAUUCCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -60
Get sequence
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