| MirGeneDB ID | Ete-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980394: 1010443-1010503 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-17-P1c
JH980394: 1010060-1010118 [+]
UCSC
Mir-17-P2c JH980394: 1010215-1010279 [+] UCSC Mir-17-P4c JH980394: 1010443-1010503 [+] UCSC Mir-19-P2c JH980394: 1010568-1010631 [+] UCSC Mir-92-P1c JH980394: 1010699-1010759 [+] UCSC Mir-92-P2c JH980394: 1010851-1010915 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAAGGACAAAGAUCAGUCCUAGCGGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUUAUAUUGCUCUACUGCGGUAUGGGCACUUUCAGUACUCUUGGAUAAUGAAUCCCUUGGUCCUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAAGGACAAAGAUCA---| U C C- G G UUUUUA GUCC AG GGUAC AAAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ UAGG UC UCAUG UUUCACGGGUAU GCGUC AUC U GGUCCUGGUUCCCUAAGUAA^ U - AC G - UCGUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-17-P4c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-17-P4c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCGGUAUGGGCACUUUCAGU -61
Get sequence
|
