MirGeneDB ID | Aca-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-17-P1a Aca-Mir-17-P1c Aca-Mir-17-P2a Aca-Mir-17-P2c Aca-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL344214.1: 24042-24104 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-17-P2c
GL344214.1: 22479-22543 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4c GL344214.1: 24042-24104 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c GL344214.1: 24446-24508 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c GL344214.1: 24606-24670 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCUCGUCGAGAUCCCUAUCCUCGCAGUGUCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUAAUGCACCCAAAUCUACUGUAAUGUGGGCACUUACAGUACUGCCGGAUCCAGAGCAUCCUAUUUGGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCUCGUCGAGAUCCCU---| UC UCA- G G UUAAUGC AUCC GCAGUG AAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ UAGG CGUCAU UUCACGGGUGU AUGUC AUC A GCGGUUUAUCCUACGAGACC^ C- GACA A - UAAACCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-17-P4c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-17-P4c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACUGUAAUGUGGGCACUUACAGU -63
Get sequence
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