MirGeneDB ID | Aca-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-17-P1a Aca-Mir-17-P2a Aca-Mir-17-P2c Aca-Mir-17-P4a Aca-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL344214.1: 22328-22385 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-17-P2c
GL344214.1: 22479-22543 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4c GL344214.1: 24042-24104 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c GL344214.1: 24446-24508 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c GL344214.1: 24606-24670 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCUUCUGGGGGGAAAGCCAUCGGGGUGCAAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUGUUGGCAUCUACUGCAGUGUUGGCACUUCCGUGCCACGAUGGCGAUGCGCGUCAGGUGCAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCUUCUGGGGGGAAA--| G UG AA U G G UGUGU GCCAUCG GG C AAGUGCU AUA UGCAG UAG \ CGGUAGC CC G UUCACGG UGU ACGUC AUC U CAACGUGGACUGCGCGUAG^ A GU CC U G - UACGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-17-P1c_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-17-P1c_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAGUGUUGGCACUUCCGU -58
Get sequence
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