| MirGeneDB ID | Gga-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
4: 3967949-3968006 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
4: 3967217-3967281 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c 4: 3967357-3967418 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c 4: 3967505-3967564 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c 4: 3967641-3967701 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c 4: 3967813-3967877 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c 4: 3967949-3968006 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCCUCUGCCGAUGGGCCUUGAGUUGUGCAAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGAGCUCAGCACCUACUGCAGUAUAAGCACUUCUGGCAUGACCGUGGCGAUGCGGCACUGGAGCACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCCUCUGCCGAUGGG---| U A UG AA- CAG G AGCU CC UG GU UGC AAGUGCUUA UGCAG UAG C GG GC CA ACG UUCACGAAU ACGUC AUC A GCACGAGGUCACGGCGUAGC^ U - GU GUC AUG - CACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-106-5p miRDB: MIMAT0001142 |
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| Star sequence | Gga-Mir-17-P1c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGCAGUAUAAGCACUUCUGGC -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-106-3p miRDB: MIMAT0026517 |
