| MirGeneDB ID | Ami-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1d Ami-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711293.1: 2600367-2600425 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
NW_017711293.1: 2599564-2599628 [-]
UCSC
Mir-92-P1c NW_017711293.1: 2599701-2599762 [-] UCSC Mir-19-P2c NW_017711293.1: 2599868-2599927 [-] UCSC Mir-17-P4c NW_017711293.1: 2599995-2600056 [-] UCSC Mir-17-P2c NW_017711293.1: 2600210-2600274 [-] UCSC Mir-17-P1c NW_017711293.1: 2600367-2600425 [-] UCSC |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUCUGGUGGAUGGGCCUUGUGUUGUGUAAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGUUUUGGUAUCUACUGCAGUAUAAGCACUUCUAGCAUUACCAUGGCAAUUCAAUCAGUGAUUUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUCUGGUGGAUGGG---| U U U AA- CAG G UGUUU CC UG GU GUGU AAGUGCUUA UGCAG UAG \ GG AC CA UACG UUCACGAAU ACGUC AUC U UGUUUAGUGACUAACUUAAC^ U - U AUC AUG - UAUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-17-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAGUAUAAGCACUUCUAGC -59
Get sequence
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