| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-17-P1a Xtr-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P2c Xtr-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4c Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 47198222-47198278 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
chr8: 47197567-47197631 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chr8: 47197697-47197755 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chr8: 47197828-47197884 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chr8: 47197940-47198000 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chr8: 47198097-47198161 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chr8: 47198222-47198278 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAGGAGCUGUGACCUGCCUGCGUUGUGCAAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGAAUUUAAACCUACUGCACCAUAAGCACUUCCUGCAUCACUAAGGUGCAUAAAUCUGCCCCUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUAGGAGCUGUGACCU-- GC U A-| A G AAUU GCCU GU GUGCA AAGUGCUUAU GUGCAG UAG \ UGGA CA UACGU UUCACGAAUA CACGUC AUC U UCGUCCCCGUCUAAAUACG AU C CC^ C - CAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-106 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- ACUGCACCAUAAGCACUUCCUGC -57
Get sequence
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