| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Oan-Mir-17-P4a7 Oan-Mir-17-P4a8 Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584859: 1459480-1459538 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a) |
Mir-92-P1a
JH584859: 1459222-1459280 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a JH584859: 1459336-1459396 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a JH584859: 1459480-1459538 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a JH584859: 1459662-1459719 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a JH584859: 1459801-1459865 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a JH584859: 1459949-1460008 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUAGUAAAUAUGACAGCUCCUGUAGUACUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUUCAGUAAUCUACUGCAUUAUGAGCACUUAAAGUACUGCUAGCUGUAGAACUACAACUUCAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUAGUAAAUAUGACA----| CCU A- G UGUUC GCU GUAGUACU AAGUGCUUAUAGUGCAG UAG \ CGA CGUCAUGA UUCACGAGUAUUACGUC AUC A ACGACUUCAACAUCAAGAUGU^ U-- AA - UAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-17-P4a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-17-P4a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAUUAUGAGCACUUAAAGU -59
Get sequence
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