| MirGeneDB ID | Cli-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Oan-Mir-17-P4a7 Oan-Mir-17-P4a8 Ocu-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold183: 2837507-2837565 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a) |
Mir-92-P1a
scaffold183: 2837255-2837313 [-]
Mir-19-P2a scaffold183: 2837370-2837430 [-] Mir-17-P4a scaffold183: 2837507-2837565 [-] Mir-19-P1a scaffold183: 2837681-2837738 [-] Mir-17-P2a scaffold183: 2837820-2837884 [-] Mir-17-P1a scaffold183: 2837971-2838031 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGUCUAGUGAAUGACAGCUCUUGUAGCACUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUGUUCACUAAUCUACUGCAUUAUAAGCACUUAAAGUACUGCUAGCUGUAGAACUACAUAUUCAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCUAGUGAAUGACA----| CUU C A- G UGUUC GCU GUAG ACU AAGUGCUUAUAGUGCAG UAG \ CGA CGUC UGA UUCACGAAUAUUACGUC AUC A ACGACUUAUACAUCAAGAUGU^ U-- A AA - UAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cli-Mir-17-P4a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cli-Mir-17-P4a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACUGCAUUAUAAGCACUUAAAGU -59
Get sequence
|
