| MirGeneDB ID | Mal-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-155 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-155 Ami-Mir-155 Bta-Mir-155 Cfa-Mir-155 Cja-Mir-155 Cli-Mir-155 Cmi-Mir-155 Cpi-Mir-155 Cpo-Mir-155 Dno-Mir-155 Dre-Mir-155 Ebu-Mir-155 Eca-Mir-155 Ete-Mir-155 Gga-Mir-155 Gja-Mir-155 Gmo-Mir-155 Hsa-Mir-155 Laf-Mir-155 Lch-Mir-155 Loc-Mir-155 Mdo-Mir-155 Mml-Mir-155 Mmr-Mir-155 Mmu-Mir-155 Mun-Mir-155 Neu-Mir-155 Oan-Mir-155 Ocu-Mir-155 Pab-Mir-155 Pbv-Mir-155 Pma-Mir-155 Rno-Mir-155 Sha-Mir-155 Spt-Mir-155-P3 Spt-Mir-155-P4 Sto-Mir-155 Tgu-Mir-155 Tni-Mir-155 Xla-Mir-155-P1 Xla-Mir-155-P2 Xtr-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884692.1: 2397468-2397527 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-155) |
Mir-155
KV884692.1: 2397468-2397527 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P1a1 KV884692.1: 2411974-2412034 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 KV884692.1: 2412342-2412403 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a1 KV884692.1: 2412480-2412541 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a1 KV884692.1: 2412657-2412714 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UAAUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGCCAUCAAGUCUAGUCCCAGAUUGAGGAUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUUGUUCAUUACCAGACACCUAACAUGUUAGCAUUAGCUUCGCUUUGGGAAAUUUUCGCACAAAACUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGCCAUCAAGUCUAG--| U A U A G UGUUCA UCCCAGA UGAGG UAAUGCUAA CGUG UAGG GU \ AGGGUUU GCUUC AUUACGAUU GUAC AUCC CA U AAUCAAAACACGCUUUUAA^ C G - A A GACCAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-155_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-155_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCUAACAUGUUAGCAUUAGCU -60
Get sequence
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