| MirGeneDB ID | Xla-Mir-155-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-155 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-155-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-155 Ami-Mir-155 Bta-Mir-155 Cfa-Mir-155 Cja-Mir-155 Cli-Mir-155 Cmi-Mir-155 Cpi-Mir-155 Cpo-Mir-155 Dno-Mir-155 Dre-Mir-155 Ebu-Mir-155 Eca-Mir-155 Ete-Mir-155 Gga-Mir-155 Gja-Mir-155 Gmo-Mir-155 Hsa-Mir-155 Laf-Mir-155 Lch-Mir-155 Loc-Mir-155 Mal-Mir-155 Mdo-Mir-155 Mml-Mir-155 Mmr-Mir-155 Mmu-Mir-155 Mun-Mir-155 Neu-Mir-155 Oan-Mir-155 Ocu-Mir-155 Pab-Mir-155 Pbv-Mir-155 Pma-Mir-155 Rno-Mir-155 Sha-Mir-155 Sto-Mir-155 Tgu-Mir-155 Tni-Mir-155 Xtr-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 17991756-17991816 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCCAGGUUAAAACAUGGGCUGCACGGUAUUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUUUUAAUUCGCUAUUGACUCCUACAUGUUAGCAUUAUUAUCAUGUCGUUUCACUUUCCAAGGAAAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACCCAGGUUAAAACAU--| U C U U A UUAAUU GGGC GCA GGUA UAAUGCUAA CGUG UAGGGGUU \ UUUG UGU CUAU AUUACGAUU GUAC AUCCUCAG C ACCAAAAGGAACCUUUCAC^ C A U - - UUAUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-155-P1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-155-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCUACAUGUUAGCAUUAUUA -61
Get sequence
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