MirGeneDB ID | Cpi-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-155 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-155a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-155 Ami-Mir-155 Bta-Mir-155 Cfa-Mir-155 Cja-Mir-155 Cli-Mir-155 Cmi-Mir-155 Cpo-Mir-155 Dno-Mir-155 Dre-Mir-155 Ebu-Mir-155 Eca-Mir-155 Ete-Mir-155 Gga-Mir-155 Gja-Mir-155 Gmo-Mir-155 Hsa-Mir-155 Laf-Mir-155 Lch-Mir-155 Loc-Mir-155 Mal-Mir-155 Mdo-Mir-155 Mml-Mir-155 Mmr-Mir-155 Mmu-Mir-155 Mun-Mir-155 Neu-Mir-155 Oan-Mir-155 Ocu-Mir-155 Pab-Mir-155 Pbv-Mir-155 Pma-Mir-155 Rno-Mir-155 Sha-Mir-155 Spt-Mir-155-P3 Spt-Mir-155-P4 Sto-Mir-155 Tgu-Mir-155 Tni-Mir-155 Xla-Mir-155-P1 Xla-Mir-155-P2 Xtr-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584544: 80841-80901 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUGGAGUUCUUCUGUAGGCUGUAUGUUGUUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUUUUUACCUAUGACUGACUCCUACAUGUUAGCAUUAACACUGUAUGAUGCCUUUUACCAGAACUCAUAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUGGAGUUCUUCUGUA U--| GU U A UUUACC GGC GUAU UGUUAAUGCUAA CGUG UAGGGGUU \ CCG UAUG ACAAUUACGAUU GUAC AUCCUCAG U UAUACUCAAGACCAUUUU UAG^ UC - - UCAGUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-155_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUU -24
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-155_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUCCUACAUGUUAGCAUUAACA -61
Get sequence
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