| MirGeneDB ID | Tni-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-155 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-155 Ami-Mir-155 Bta-Mir-155 Cfa-Mir-155 Cja-Mir-155 Cli-Mir-155 Cmi-Mir-155 Cpi-Mir-155 Cpo-Mir-155 Dno-Mir-155 Dre-Mir-155 Ebu-Mir-155 Eca-Mir-155 Ete-Mir-155 Gga-Mir-155 Gja-Mir-155 Gmo-Mir-155 Hsa-Mir-155 Laf-Mir-155 Lch-Mir-155 Loc-Mir-155 Mal-Mir-155 Mdo-Mir-155 Mml-Mir-155 Mmr-Mir-155 Mmu-Mir-155 Mun-Mir-155 Neu-Mir-155 Oan-Mir-155 Ocu-Mir-155 Pab-Mir-155 Pbv-Mir-155 Pma-Mir-155 Rno-Mir-155 Sha-Mir-155 Spt-Mir-155-P3 Spt-Mir-155-P4 Sto-Mir-155 Tgu-Mir-155 Xla-Mir-155-P1 Xla-Mir-155-P2 Xtr-Mir-155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
5: 8201365-8201424 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-155) |
Mir-92-P1a1
5: 8188110-8188167 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a1 5: 8188261-8188319 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 5: 8188398-8188455 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 5: 8188599-8188656 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a1 5: 8188734-8188798 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a1 5: 8188866-8188926 [-] UCSC Ensembl Mir-155 5: 8201365-8201424 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UAAUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGGAGCUCGUGUCGUCCCGGAUUGGAGUUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGUUGGCGGUUCCCAGGCACCUAGCAUGUUAGCAUUAGCUCCACUCAGGGAGAUCUCGCCACGCCAAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGGAGCUCGUGUCG--| G U U A G UGGCGG UCCC GA UGGAGUUAAUGCUAA CGUG UAGG GU \ AGGG CU ACCUCGAUUACGAUU GUAC AUCC CG U CCGAACCGCACCGCUCUAG^ A C - G A GACCCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-155_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-155_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCUAGCAUGUUAGCAUUAGCU -60
Get sequence
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