| MirGeneDB ID | Tni-Mir-17-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Tni-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P2a2 Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4a2 Tni-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a1 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a1 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
5: 8188734-8188798 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a1) |
Mir-92-P1a1
5: 8188110-8188167 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a1 5: 8188261-8188319 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 5: 8188398-8188455 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 5: 8188599-8188656 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a1 5: 8188734-8188798 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a1 5: 8188866-8188926 [-] UCSC Ensembl Mir-155 5: 8201365-8201424 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUGUUUUUUUGAAGUUCCGUCUUUGUGCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAAUAGACUAGCACCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGGGGCUGUGAUAUGCACCACCAGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUGUUUUUUUGAAGUUCCG-- --| U UC U A UGAAAUA UCUUUGUGCUA AGG GCA UAG GCAG UAG G GGGAAUACGGU UCC CGU AUC CGUC AUC A CCAGACCACCACGUAUAGUGUCG CU^ U GA C - CACGAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-17-P2a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-17-P2a1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
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