| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-18a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tni-Mir-17-P2a1 Tni-Mir-17-P2a2 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
1: 71703664-71703728 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a) |
Mir-17-P1a
1: 71703517-71703577 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a 1: 71703664-71703728 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 1: 71703804-71703861 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 1: 71703973-71704031 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a 1: 71704107-71704167 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a 1: 71704225-71704283 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUGUGGUGGUGUCAAGUGCUUUUUGUACUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAGUAGAUUAGCAUCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGAAGUUAUGUCUUCAUCCAGUCACUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGUGUGGUGGUGUCAAGU-- A --| U UC U A UGAAGUA GCUUUUUGU CUA AGG GCA UAG GCAG UAG G UGAAGAAUA GGU UCC CGU AUC CGUC AUC A CUCACUGACCUACUUCUGUAU C CU^ U GA C - UACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-17-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-17-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
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