| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-18a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Tni-Mir-17-P2a1 Tni-Mir-17-P2a2 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr8: 93067839-93067903 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a) |
Mir-17-P1a
chr8: 93067701-93067760 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a chr8: 93067839-93067903 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr8: 93067987-93068044 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr8: 93068174-93068232 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a chr8: 93068307-93068367 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a chr8: 93068424-93068482 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCCUGCUGAUGUUGAGUGCUUUUUGUUCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAGUAGAUUAGCAUCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGAAGUUAUGUUUUCAUCCAAUAAUUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGCUGAUGUUGAGU-- U --| U UC U A UGAAGUA GCUUUUUGU CUA AGG GCA UAG GCAG UAG G UGAAGAAUA GGU UCC CGU AUC CGUC AUC A CUUAAUAACCUACUUUUGUAU C CU^ U GA C - UACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-17-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-17-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
|
