MirGeneDB ID | Rno-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-106b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr12: 19307761-19307822 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-92-P2d
chr12: 19307351-19307410 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chr12: 19307555-19307615 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d chr12: 19307761-19307822 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCUUCCCUCCCACCAGCCCUGCUGGGACUAAAGUGCUGACAGUGCAGAUAGUGGUCCUCUCUGUGCUACCGCACUGUGGGUACUUGCUGCUCCAGCAGGGCACAUGCAACACCCACGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUCUUCCCUCCCACCA-- -|ACUA G AGAUAGUGGUCC GCCCUGCUGG G AAGUGCU ACAGUGC \ CGGGACGACC C UUCAUGG UGUCACG U GAGGCACCCACAACGUACA U^GUCG G CCAUCGUGUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts +1 and +2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-17-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAAGUGCUGACAGUGCAGAUA -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000825 TargetScanVert: rno-miR-106b-5p miRDB: MIMAT0000825 |
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Star sequence | Rno-Mir-17-P1d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CCGCACUGUGGGUACUUGCUGC -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004727 TargetScanVert: rno-miR-106b-3p miRDB: MIMAT0004727 |