MirGeneDB ID | Cpi-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-92b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-92-P1d Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1d Cja-Mir-92-P1d Cmi-Mir-92-P1d Cpo-Mir-92-P1d Dno-Mir-92-P1d Dre-Mir-92-P1d Eca-Mir-92-P1d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1d Gja-Mir-92-P1d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1d Lch-Mir-92-P1d Loc-Mir-92-P1d Mal-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P1d Mml-Mir-92-P1d Mmr-Mir-92-P1d Mmu-Mir-92-P1d Mun-Mir-92-P1d Oan-Mir-92-P1d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1d Pab-Mir-92-P1d Pbv-Mir-92-P1d Rno-Mir-92-P1d Sha-Mir-92-P1d Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1d Sto-Mir-92-P1d Tgu-Mir-92-P1d Xla-Mir-92-P1d1 Xla-Mir-92-P1d2 Xtr-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584431: 3167271-3167333 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGCUGCCAUCUCCUUCCAGGGCAGCAGGAGGGACGGGAUGCUGUGCAGUGUUGUUCUAUCACCAACCAAUAUUGCACUCGUCCCGGCCUCCUGCCUCCUUGGGCUCCUCCGCACCCAAGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGGCUGCCAUCUCCUU--| CA GA CU GUUCUAU CCAGGG GCAGGAGG CGGGAUG GUGCAGUGUU \ GGUUCC CGUCCUCC GCCCUGC CACGUUAUAA C CGGAACCCACGCCUCCUCG^ UC G- U- CCAACCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-92-P1d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGACGGGAUGCUGUGCAGUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-92-P1d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAUUGCACUCGUCCCGGCCUCC -63
Get sequence
|